柏林自由大学的教学和研究领域十分广泛，包括医学、自然科学、社会科学和人文学、犹太研究学、戏剧学，媒体研究等，其中医学、自然科学、社会科学和人文学系是柏大最大的院系，女性研究一直是该校的传统强项。柏林自由大学还拥有人文和社会科学领域众多的“小专业”。学校还成立了多个有关世界冲突的区域性研究所，如北美肯尼迪研究所、拉美研究所、东欧研究所以及东亚和欧洲国别中心研究所。
自然科学研究重点在于跨数学、物理和信息科学的生物和地理学研究。研究领域从日常文化到酵素的微生物分析和量子理论。人文、社科和自然科学领域的研究面向国际，进行跨学科合作。
